Дэвид Мэйсон (позывной «Сектор»), сын Алекса Мэйсона из первой части Black Ops, ещё в детстве потерял отца и теперь ему нужно найти убийц. Кроме того, он, как боец антитеррористической группы «ОКСО», должен победить Рауля Менендеса, главного террориста современности, лидера террористической организации «Cordis Die». Игра начинается с допроса Вудса в локации «Убежище», месте, где живут престарелые бывшие сотрудники ЦРУ. Фрэнк спокойно отвечает на вопросы и рассказывает о событиях 80-х годов, которые переплетены со сражениями в реальном времени. Компания Treyarch старалась сделать отсылки ко всем частям серии.
Алексу Мэйсону сообщают о том, что Фрэнк Вудс выполнял задание по нейтрализации контрабандистов оружия в Анголе, но все связи с ним пропали. Мэйсон вместе с Джейсоном Хадсоном, его куратором, отправляется в Анголу, чтобы найти Вудса. Вместе с повстанцами УНИТА под командованием Жонаша Савимби он с боем прорывается через силы МПЛА в поисках Вудса. Они летят на вертолёте к барже, гд