История в Baldur’s Gate 3 не связана с предыдущими частями серии — она происходит примерно через сто лет после событий, представленных в Троне Баала, где разворачивалась жестокая бойня ради божественной силы мертвого бога убийц Баала. В третьей части Врат Балдура все начинается со вторжения иллитидов (также известных как пожиратели разума) в одноименный город — Врата Балдура.
В результате этого часть жителей была похищена, отправлена на корабль захватчиков, а затем они превратились в Ловцов разума. Это можно объяснить вживлением в них эмбриона, который питается мозгом хозяина.
Ваш герой из игры — один из тех, кто попал на корабль иллитидов и прошел через процесс заражения одним из эмбрионов. В прологе он устроит побег с корабля, что мало кому удается. А уже впоследствии в первом акте задачи меняются. Помимо найма союзников, ему предстоит найти способ извлечь из себя паразита.